Differenze tra isolamento tramite agar o per continua clonazione

Coltivazione e conservazione di funghi e tartufi
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[Big Doggo]
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Differenze tra isolamento tramite agar o per continua clonazione

Messaggio da [Big Doggo] » sab gen 30, 2021 1:00 pm

Salve a tutti! Pongo questa domanda in particolare a chi è esperto di agar work e mi chiedevo, poiché neanche su shroomery sono riuscito a trovare risposta a questo mio dilemma, quali fossero le differenze e i vantaggi tra le queste due tecniche di isolamento di una genetica.

Mettiamo che si sia esportato un sample di tessuto da un certo esemplare. Per procedere all'isolamento dei caratteri desiderati ho visto procedere in due modi, ma non mi sono chiari i vantaggi e le principali possibilità che offrono.

1ª tecnica
Si mette il sample su agar. Quando è già visibile una buona crescità si procede selezionando una parte del micelio che presenta alcune caratteristiche ricercate (ad esempio crescita più veloce o rizomorfica di un ramo rispetto agli altri) e si mette su altro agar. Si continua così più volte finché la crescita non è più irregolare come all'inizio, ma è regolare (a cerchio) e la genetica si può dire isolata.

2ª tecnica
Si mette il sample su agar. Lo si fa crescere completamente, senza dare importanza al fatto che non cresca omogenea ente. Una volta completata la crescita su tutto l'agar, lo si usa per colonizzare barattoli di grano o altro, che poi verranno usati come spawn per bulk. Una volta che i vari bulk producono nuovi esemplari si prende un sample di tessuto da uno che presenta caratteristiche simili a quelle dell'esemplare di partenza. A questo punto si ricomincia da capo più volte finché tutti gli esemplari prodotti presentano le caratteristiche ricercate, e la genetica si può dire isolata.

Ora veniamo ai dilemmi:
Partendo dal fatto che l'esemplare che si decide di clonare non è isolato, ma è composto di diverse genetiche unite (tant'è vero che mettendo il sample su agar questo crescerà in modo irregolare mettendo in mostra tutti i rami genetici di cui è composto) che vantaggi presenterebbe la 1ª tecnica? Si tratta di isolare un ramo che si, presenta crescita più veloce o appare più sano rispetto ad altri, ma non si sa nella pratica che tipo di frutto produrrebbe (grande, piccolo, che cresce in cluster o meno) e inoltre si andrebbero a mutilare le genetiche di partenza dell'esemplare che si vuole clonare selezionando solo una genetica tra le tante presenti. Ci troveremo alla fine si con una genetica isolata, ma che poco avrà a che fare con l'esemplare di partenza. Si è isolato qualcosa, ma non si sa effettivamente cosa. Mi sembra molto una selezione alla cieca sperando di ottenere qualcosa di sufficiente.

La 2ª tecnica invece è senz'altro più lunga da completare, ma mi pare molto più razionale.

Ora, sapendo che tra di voi ci sono degli amanti dell'agar work come @asklepios vi chiedo quali possano essere i vantaggi di queste due tecniche, quale potrebbe essere migliore e se non ho preso qualcosa in considerazione.

Grazie mille a chi si è preso qualche minuto per leggere questo vangelo, fatemi sapere <3
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Re: Differenze tra isolamento tramite agar o per continua clonazione

Messaggio da asklepios » sab gen 30, 2021 9:58 pm

Non so se mi posso definire "esperto", ma tento di risponderti lo stesso :asd:
Per la ricerca su Shroomery ti linko questo post, mi ha fatto risparmiare un sacco di tempo.

Per la seconda opzione, in genere non si clonano i cloni, in quanto pare che clonazioni successive riducano le qualità del clone originale. La lettura di questo post potrebbe aiutare a chiarire. Premetto che non sono studiatissimo su questo argomento in quanto anch'io lo sto approcciando nella pratica solo recentemente, e in quanto alla biologia potrei sparare grandissime castronerie, comunque finora l'ho capita così:

Le cellule si replicano fino a un certo punto. Ogni replicazione introduce mutazioni e danni al DNA, fino ad arrivare alla cellula senescente, che svolge la sua funzione e muore per evitare di propagare ulteriormente le mutazioni che si sono accumulate. La riproduzione sessuata, e la ricombinazione genetica (che nei funghi avviene al momento di produzione delle spore) serve ad ovviare a questo meccanismo. Clonare troppe volte, o espandere esageratamente il micelio, aggira questo processo in quanto è una riproduzione asessuata. A lungo andare la linea cellulare invecchia e diventa senescente, quindi smette di produrre o perde di molto in produzione. È un argomento molto complesso comunque, e mentre te ne potrei parlare con una certa sicurezza nell'ambito delle cellule umane, quando si tratta di funghi prendimi con le pinze. Ci sono tanti processi che negli esseri umani non avvengono (ricombinazione somatica e anastomosi tra ife dicariotiche diverse).

Mantenendoci su un piano più "pratico" quindi, e basando sui report aneddotici che ho letto su Shroomery, clonare i cloni è da evitare, a meno di non aver perso per sbadatezza la coltura originale. Clonazioni successive "indeboliscono" la genetica, che produrrà di meno e tenderà a perdere le sue caratteristiche desiderabili. Che questo sia dovuto a parziale senescenza di alcune genetiche, mutazioni o altro non ti so dire.

Sul fatto degli isolati poi è difficile rispondere, c'è chi ha trovato isolati con buona produttività senza troppa difficoltà (quelli che ho linkato nell'articolo in wiki) e c'è chi, pur facendo le cose molto più in grande, ha ottenuto risultati deludenti. Il vantaggio di un isolato immagino sia maggiore uniformità. Se un clone ha genetiche molto eterogenee, un isolato dovrebbe essere più uniforme anche di un buon clone. È un processo estremamente lungo comunque, devi testare ogni isolato crescendolo. C'è da dire anche che industrialmente, da quel che ho potuto leggere, gli isolati vengono prodotti dalla germinazione di singole spore e dal loro incrocio invece che tramite subcoltura da cloni, immagino sempre per il problema precedente. Per isolare come si fa artigianalmente, finisci per fare talmente tanti trasferimenti che alla fine devi essere fortunato a trovare un isolato che non sia stato danneggiato e mezzo senescente. Facendo germinare singole spore e accoppiandole il processo è ugualmente lungo ma non devi fare tutti questi procedimenti di subcoltura (trasferimento) che portano a senescenza.

Riassumento quindi, gli isolati da evitare se non hai tanto tempo da buttare, ottimi risultati sono ottenibili limitandosi alla clonazione e alla conservazione di buone genetiche anche se non isolate

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Time
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Re: Differenze tra isolamento tramite agar o per continua clonazione

Messaggio da Time » dom gen 31, 2021 10:35 am

Argomento interessante.
Credo che @Aryaman possa dare risposte esaustive.

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Re: Differenze tra isolamento tramite agar o per continua clonazione

Messaggio da asklepios » dom gen 31, 2021 12:05 pm

Ieri notte ci stavo pensando. Penso che un altro motivo per cui sia più facile avere colture degenerate clonando il clone ripetutamente ma meno problematico se si lavora esclusivamente su agar (isolati) potrebbe essere che mentre un trasferimento su agar è un breve "passo" per il micelio, per un'intera grow le cellule si devono replicare molte molte più volte. Magari il micelio di una grow messo su agar riempirebbe diverse centinaia di Petri

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Re: Differenze tra isolamento tramite agar o per continua clonazione

Messaggio da [Big Doggo] » dom gen 31, 2021 11:42 pm

asklepios ha scritto:
sab gen 30, 2021 9:58 pm
Non so se mi posso definire "esperto", ma tento di risponderti lo stesso :asd:
Per la ricerca su Shroomery ti linko questo post, mi ha fatto risparmiare un sacco di tempo.

Per la seconda opzione, in genere non si clonano i cloni, in quanto pare che clonazioni successive riducano le qualità del clone originale. La lettura di questo post potrebbe aiutare a chiarire. Premetto che non sono studiatissimo su questo argomento in quanto anch'io lo sto approcciando nella pratica solo recentemente, e in quanto alla biologia potrei sparare grandissime castronerie, comunque finora l'ho capita così:

Le cellule si replicano fino a un certo punto. Ogni replicazione introduce mutazioni e danni al DNA, fino ad arrivare alla cellula senescente, che svolge la sua funzione e muore per evitare di propagare ulteriormente le mutazioni che si sono accumulate. La riproduzione sessuata, e la ricombinazione genetica (che nei funghi avviene al momento di produzione delle spore) serve ad ovviare a questo meccanismo. Clonare troppe volte, o espandere esageratamente il micelio, aggira questo processo in quanto è una riproduzione asessuata. A lungo andare la linea cellulare invecchia e diventa senescente, quindi smette di produrre o perde di molto in produzione. È un argomento molto complesso comunque, e mentre te ne potrei parlare con una certa sicurezza nell'ambito delle cellule umane, quando si tratta di funghi prendimi con le pinze. Ci sono tanti processi che negli esseri umani non avvengono (ricombinazione somatica e anastomosi tra ife dicariotiche diverse).

Mantenendoci su un piano più "pratico" quindi, e basando sui report aneddotici che ho letto su Shroomery, clonare i cloni è da evitare, a meno di non aver perso per sbadatezza la coltura originale. Clonazioni successive "indeboliscono" la genetica, che produrrà di meno e tenderà a perdere le sue caratteristiche desiderabili. Che questo sia dovuto a parziale senescenza di alcune genetiche, mutazioni o altro non ti so dire.

Sul fatto degli isolati poi è difficile rispondere, c'è chi ha trovato isolati con buona produttività senza troppa difficoltà (quelli che ho linkato nell'articolo in wiki) e c'è chi, pur facendo le cose molto più in grande, ha ottenuto risultati deludenti. Il vantaggio di un isolato immagino sia maggiore uniformità. Se un clone ha genetiche molto eterogenee, un isolato dovrebbe essere più uniforme anche di un buon clone. È un processo estremamente lungo comunque, devi testare ogni isolato crescendolo. C'è da dire anche che industrialmente, da quel che ho potuto leggere, gli isolati vengono prodotti dalla germinazione di singole spore e dal loro incrocio invece che tramite subcoltura da cloni, immagino sempre per il problema precedente. Per isolare come si fa artigianalmente, finisci per fare talmente tanti trasferimenti che alla fine devi essere fortunato a trovare un isolato che non sia stato danneggiato e mezzo senescente. Facendo germinare singole spore e accoppiandole il processo è ugualmente lungo ma non devi fare tutti questi procedimenti di subcoltura (trasferimento) che portano a senescenza.

Riassumento quindi, gli isolati da evitare se non hai tanto tempo da buttare, ottimi risultati sono ottenibili limitandosi alla clonazione e alla conservazione di buone genetiche anche se non isolate
Grazie per questi spunti di ricerca interessanti!! Ora vedo di studiarmi bene questi post e ti faccio sapere :chitarra:
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Re: Differenze tra isolamento tramite agar o per continua clonazione

Messaggio da [Big Doggo] » mar feb 02, 2021 10:05 pm

asklepios ha scritto:
sab gen 30, 2021 9:58 pm
Non so se mi posso definire "esperto", ma tento di risponderti lo stesso :asd:
Per la ricerca su Shroomery ti linko questo post, mi ha fatto risparmiare un sacco di tempo.

Per la seconda opzione, in genere non si clonano i cloni, in quanto pare che clonazioni successive riducano le qualità del clone originale. La lettura di questo post potrebbe aiutare a chiarire. Premetto che non sono studiatissimo su questo argomento in quanto anch'io lo sto approcciando nella pratica solo recentemente, e in quanto alla biologia potrei sparare grandissime castronerie, comunque finora l'ho capita così:

Le cellule si replicano fino a un certo punto. Ogni replicazione introduce mutazioni e danni al DNA, fino ad arrivare alla cellula senescente, che svolge la sua funzione e muore per evitare di propagare ulteriormente le mutazioni che si sono accumulate. La riproduzione sessuata, e la ricombinazione genetica (che nei funghi avviene al momento di produzione delle spore) serve ad ovviare a questo meccanismo. Clonare troppe volte, o espandere esageratamente il micelio, aggira questo processo in quanto è una riproduzione asessuata. A lungo andare la linea cellulare invecchia e diventa senescente, quindi smette di produrre o perde di molto in produzione. È un argomento molto complesso comunque, e mentre te ne potrei parlare con una certa sicurezza nell'ambito delle cellule umane, quando si tratta di funghi prendimi con le pinze. Ci sono tanti processi che negli esseri umani non avvengono (ricombinazione somatica e anastomosi tra ife dicariotiche diverse).

Mantenendoci su un piano più "pratico" quindi, e basando sui report aneddotici che ho letto su Shroomery, clonare i cloni è da evitare, a meno di non aver perso per sbadatezza la coltura originale. Clonazioni successive "indeboliscono" la genetica, che produrrà di meno e tenderà a perdere le sue caratteristiche desiderabili. Che questo sia dovuto a parziale senescenza di alcune genetiche, mutazioni o altro non ti so dire.

Sul fatto degli isolati poi è difficile rispondere, c'è chi ha trovato isolati con buona produttività senza troppa difficoltà (quelli che ho linkato nell'articolo in wiki) e c'è chi, pur facendo le cose molto più in grande, ha ottenuto risultati deludenti. Il vantaggio di un isolato immagino sia maggiore uniformità. Se un clone ha genetiche molto eterogenee, un isolato dovrebbe essere più uniforme anche di un buon clone. È un processo estremamente lungo comunque, devi testare ogni isolato crescendolo. C'è da dire anche che industrialmente, da quel che ho potuto leggere, gli isolati vengono prodotti dalla germinazione di singole spore e dal loro incrocio invece che tramite subcoltura da cloni, immagino sempre per il problema precedente. Per isolare come si fa artigianalmente, finisci per fare talmente tanti trasferimenti che alla fine devi essere fortunato a trovare un isolato che non sia stato danneggiato e mezzo senescente. Facendo germinare singole spore e accoppiandole il processo è ugualmente lungo ma non devi fare tutti questi procedimenti di subcoltura (trasferimento) che portano a senescenza.

Riassumento quindi, gli isolati da evitare se non hai tanto tempo da buttare, ottimi risultati sono ottenibili limitandosi alla clonazione e alla conservazione di buone genetiche anche se non isolate
OK ci sono. Mi sono studiato bene il post che hai linkato ed è davvero simpatico e molto ben fatto. Con la citazione (forse non voluta) della dialettica Hegeliana servo-padrone (master and slaves) ha reso molto bene il concetto. Dunque la parte davvero difficile sarebbe beccare il clone giusto, a quel punto metti in agar e poi da agar porti il tutto in LC, tenendo sempre il "master plate" al fresco per le future LC. Forse, una volta che ti sei accorto che in questo modo riesci ad avere dei bei esemplari, per ovviare al problema della senescenza si potrebbe fare un'impronta sporale e procedere ulteriormente con un'inoculazione, dando modo alle spore che si uniscono di creare geni giovani che potrebbero essere promettenti, considerando che provengono da dei genitori validi. Ha senso? :?
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Re: Differenze tra isolamento tramite agar o per continua clonazione

Messaggio da asklepios » mar feb 02, 2021 10:19 pm

Le spore risolvono il problema della senescenza, ma la ricombinazione che avviene nel momento della cariogamia potrebbe far perdere i tratti desiderabili del clone isolato. Penso che con il metodo che ha scritto lui non si dovrebbe comunque rischiare di incorrere nel problema della senescenza, sono in molti ad adottarlo.
davvero difficile
Sembra più una questione di fortuna. Penso che comunque anche se non trovi il clone d'oro già dovresti osservare una crescita più uniforme

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Re: Differenze tra isolamento tramite agar o per continua clonazione

Messaggio da [Big Doggo] » mer feb 03, 2021 2:52 pm

asklepios ha scritto:
mar feb 02, 2021 10:19 pm
Le spore risolvono il problema della senescenza, ma la ricombinazione che avviene nel momento della cariogamia potrebbe far perdere i tratti desiderabili del clone isolato. Penso che con il metodo che ha scritto lui non si dovrebbe comunque rischiare di incorrere nel problema della senescenza, sono in molti ad adottarlo.
davvero difficile
Sembra più una questione di fortuna. Penso che comunque anche se non trovi il clone d'oro già dovresti osservare una crescita più uniforme
Esatto, con difficile intendevo che ti serve un po' di fortuna :asd:
Comunque si, senz'altro già con una clonazione di un buon esemplare si può ovviare quantomeno parzialmente a situazioni scomode come il pinning disomogeneo che è davvero fastidioso :shock:
:chitarra: BIG DOGGO :chitarra:

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